NVIDIA发布BioNeMo推理运行时（BioIR）：蛋白质折叠速度提升2.9倍

生物分子结构预测已从单一目标的计算转向大规模的工作列表。瓶颈不再是模型能否折叠蛋白质，而是整个独立任务队列如何快速通过解析、特征化、GPU推理和输出写入等步骤。NVIDIA推出了BioNeMo Inference Runtime（BioIR），这是一个加速支持的结构预测模型在NVIDIA GPU上运行的Python库，同时保持标准PyTorch工作流程不变。BioIR已经在生产环境中大规模部署，并为AlphaFold数据库的扩展提供了动力，生成了4777个蛋白质组中的约3100万个候选复合物结构。BioIR优化了三个不同的层次：内核选择、模块优化和管道扩展，以解决不同瓶颈问题。